Учреждение патриаршества в России, получение русской церковью автокефальности de jure, является крупнейшим и весьма важным событием в церковно-государственной жизни Московского государства в XVI веке.
Москва, этот третий Рим, цветущий благочестием, была признана законною наследницей Византии: Московский великий князь венчался царским венцом, и его венчание было признано и утверждено особым торжественным актом четырех восточных патриархов. Но по понятиям Византии было нужно, чтобы рядом с православным царем всегда существовал и патриарх: это было необходимо для полноты христианского царства. И потому вслед за принятием Московским государством царского титула вполне естественно явилась мысль и о необходимости учреждения патриаршества.
Сильный Московский государь должен был иметь при себе главу русской церкви, не находящегося ни в каком, хотя только и номинальном, подчинении кому другому, а всецело зависимого лишь от него - Московского государя. Учреждением патриаршества нужно было закончить и завершить здание церковно-государственных отношений в Московском государстве, которые сложились там с половины XV века, в своеобразной форме, когда государство приобретает теократический характер, в значительной степени подчиняя себе церковь, и вносит церковные начала во все отрасли публичного и частного права. Высокое положение главы русской церкви должно было соответствовать мощи и величию русского государства, где находился «единый во всей подсолнечной православный царь».
Учреждение патриаршества в России во всех моментах этого события рисует нам выпуклую, блестящую картину теократического характера Московского государства, подчинившего себе церковь, и имеет высокий научный интерес. Из документов и памятников, относящихся к рассматриваемому нами событию, мы видим, какова была роль и значение государственной и церковной власти и их взаимоотношения. Мы узнаем, что инициатива учреждения патриаршества в России принадлежала высшей государственной власти; все предварительные переговоры (тайные и официальные) велись по поручению его ближайшими советниками, правителем Борисом Годуновым и дьяком Андреем Щелкаловым, а не представителями высшего духовенства, что учреждение патриаршества в России было совершенно государственной властью, прибегшей по отношению к вселенскому патриарху Иеремии и его спутникам, к хитрости и насилию.
И духовенство, со своей стороны, видя постоянное вмешательство сильной светской власти в дела духовные, нередко касающейся внутреннего, интимного распорядка церковной жизни, находило такой порядок вполне естественным, правильным и нормальным, само охотно идя навстречу такой интервенции государства в дела своего ведения; нередко духовенство даже искало и желало такого вмешательства. Постоянно получая помощь со стороны государя, привыкнув к постоянному водительству и подчинению государственной власти, духовенство русской церкви теряло способность действовать самостоятельно и активно: оно свыклось, сроднилось с таким порядком. И когда, хотя и изредка, представлялась возможность выступить активно и более самостоятельно по приглашению той же сильной государственной власти, обращавшейся иногда к духовенству за советом и указанием, представители высшей иерархии оказывались совершенно отвыкшими от такой, столь необычной для них роли, потерявшими способность действовать без властного указания высшей государственной власти.
Избирательный собор духовенства являлся лишь декорацией, играя довольно жалкую пассивную, несамостоятельную роль, так как из источников известно, что избрание на патриаршую и митрополичьи кафедры было совершено во всем согласно с данным вперед царским наказом. Начало соборное, духовное было совершенно подавлено началом единоличным, государственным.
Каждый шаг, каждое слово в ритуале поставления патриарха было заранее предусмотрительно регламентировано государственной властью.
Грамота об учреждении патриаршества в России, которую Московское правительство позаботилось составить и дать подписать патриарху Иеремии до отъезда из Москвы, была, несомненно, составлена без участия собора духовенства; из хронографа митрополита монемвасийского Иерофея нам хорошо известно, что ни патриарх Иеремия, принимавший в проставлении Иова такое видное участие, ни его спутники совершенно не участвовали в оставлении этой уложенной грамоты. Русское духовенство того времени постепенно привыкло к пассивности и к попечительным заботам о нем и о его делах высшего представителя государственной власти, который, за его покорное служение видам государства, ставил духовенство в привилегированное положение.
Таким образом, мы видим, что крупнейшее событие церковно-государственной жизни Московского государства в XVI веке - учреждение патриаршества совершилось «по изволению царского величества», и «истинного рачителя благочестия…благоразумного поспешника истине», слабого телом и духом царя Феодора Ивановича и его ближайших светских советников.